Skema Spesialisasi disediakan dengan harapan mahasiswa memiliki opsi untuk mendalami bidang keilmuan tertentu dalam meteorologi. Dengan demikian, mahasiswa memiliki kemampuan spesifik yang bisa menjadi modal untuk bekerja atau melanjutkan pendidikannya. Mahasiswa yang lulus Skema Spesialisasi akan diberikan identitas spesialisasi di dalam transkrip akademik-nya. PS-ME menyediakan 8 (delapan) paket spesialisasi yang diharapkan mampu memberikan pendalaman bidang keilmuan Meteorologi bagi mahasiswa. Adapun kedelapan paket spesialisasi tersebut adalah sebagai berikut:
- Sains Atmosfer
- Energi Terbarukan
- Kebencanaan Hidrometeorologi dan Lingkungan
- Perubahan Iklim
- Teknologi dan Instrumentasi Meteorologi
- Operasional Meteorologi
- Sains Data Meteorologi
- Prediksi Cuaca dan Iklim
